不同的研究目标与样本类型，对测序方法的要求截然不同。尤其是在蛋白质组学或抗体解析等应用场景中，很多研究者在“De Novo测序”和“基于参考数据库测序”之间感到疑惑：两者有何本质区别？什么情况下必须用De Novo？又是什么让它成为当前蛋白结构解析中的关键技术？本文将从原理差异、应用场景、优劣对比三个维度，帮助你厘清这两种测序策略的边界与选择逻辑。

1、原理差异：参考基因组测序 vs De Novo测序

参考基因组测序，也被称为数据库比对型质谱分析（Database-dependent search），其基本流程是：将质谱采集到的肽段碎片谱图，与已知的蛋白质数据库（如Uniprot、RefSeq）中的理论肽段谱图进行匹配，找到相似度最高的候选序列。由于其基于“已有知识”，匹配效率高、计算负担小、准确率也较高，适用于模式生物或参考序列已知的研究对象。

相比之下，De Novo测序（从头测序）完全不依赖任何数据库，而是直接根据MS/MS谱图信息推断氨基酸排列。这一过程依赖复杂的算法来识别碎片离子（b/y离子系列），推导每条肽段的序列，并进一步拼接出完整的蛋白质一级结构。即使数据库中完全没有该蛋白的记录，De Novo也能还原其真实结构，是一种真正的数据驱动型方法，适用于完全未知或高变异性蛋白的研究。

2、应用场景：谁适合用参考测序？谁必须用De Novo？

对于人类、小鼠、果蝇、酵母等模式生物，其全基因组及蛋白注释数据库极其丰富，参考数据库测序几乎可以覆盖90%以上的蛋白信息。在进行常规蛋白质组学分析（如表达谱分析、磷酸化位点鉴定、定量蛋白筛选）时，使用参考数据库检索效率高且稳定。

然而，在以下几种典型场景中，数据库策略就显得力不从心，必须依赖De Novo测序：

（1）未知抗体结构重建：如来源于动物免疫、临床样本、专利抗体复现等，序列数据库中无记录

（2）非模式生物研究：如中药材、微生物、海洋生物等物种的蛋白序列未被完全注释

（3）突变蛋白或新抗原筛选：如癌症新抗原（neoantigen）、病毒突变株中的新表达蛋白

（4）翻译后修饰干扰比对：如糖基化、脱酰胺等修饰导致数据库比对失效

（5）表达产物一致性验证：如某一抗体在不同表达系统下是否有轻微结构差异

此时，De Novo测序不仅可以获取真实的蛋白质序列，还能在数据库之外发现结构变异、修饰异构体、剪切形式等“盲点蛋白”，是深度结构解析和精准药物研发的核心手段。

3、优劣比较：选择不只是看“准不准”

百泰派克生物科技的双策略蛋白测序解决方案

在百泰派克生物科技，我们不仅提供常规的参考数据库蛋白质组学服务，更具备抗体级别的全链条De Novo测序能力，尤其在：抗体轻重链序列重建、多克隆抗体核心抗体识别、疫苗诱导抗体结构解析、修饰异构体蛋白的结构分析、仿制药抗体一致性测序与比对等高难度蛋白结构解析场景中有丰富项目经验。我们采用多酶酶解策略、Orbitrap高分辨质谱平台、自主开发的De Novo拼接算法，结合人工校核和结构建模，为客户交付高覆盖率、可表达、可验证的蛋白完整序列。

如果你正在寻找表达差异、做功能注释，数据库型质谱分析仍是高效稳定的选择。但如果你面对的是一个全新的、数据库中不存在的蛋白，或者你需要的不仅是一个肽段ID，而是可以复现、可以表达的全长结构，那么De Novo测序才是正确的答案。百泰派克生物科技致力于帮助每一位科研人员与药物开发者，选择适合的测序方式，获取真实、完整、可用的蛋白结构信息。无论你处在基础研究、抗体开发还是药物一致性验证阶段，我们都能提供一站式的技术支持与数据交付服务。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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